[N. ?, entre 1530-1535 ? m. ?, 4.9.1608] Era filho do alcaide-mor de Montemor-o-Novo, capitão de ginetes de D. Manuel e D. João III e do conselho dos mesmos reis, D. João Mascarenhas. Tal como o pai foi cortesão e ele também capitão de ginetes ainda de D. João III e de D. Sebastião. Foi capitão dos cavaleiros, escudeiro e criado da Casa Real. Passou a servir na Índia e em 1562, foi capitão-de-mar e governador de Chaul e no ano seguinte governador de Sofala, tendo em 1570 resistido ao cerco de Chaul por um ano, saindo vitorioso.
Regressado ao reino foi, por D. Sebastião (carta de 10 de Março de 1573) em paga dos serviços, nomeado capitão-do-donatário das capitanias do Faial e do Pico com carácter hereditário. Contudo a sucessão destas capitanias estava em litígio por parte de Jerónimo Dutra *Corte Real, filho do último capitão, Manuel Dutra *Corte Real, que em 1582, por sentença da Relação da Casa da Suplicação, foi reintegrado, perdendo assim D. Francisco de Mascarenhas as capitanias.
Acompanhou D. Sebastião a África e ficou prisioneiro em Alcácer-Quibir, sendo resgatado.
Foi partidário de Filipe II (I de Portugal) e por este monarca nomeado vice-rei do Estado da Índia, partindo de Lisboa em 8 de Abril de 1581. Foi então agraciado pelo rei com o título de conde da Vila da Horta para usar quando chegasse à Índia, passando a usá-lo de facto a 18 de Agosto de 1581 quando chegou a Moçambique. O seu vice-reinado decorreu calmo, regressando ao reino em 25 de Novembro de 1584.
Em 1593 foi nomeado por Filipe I governador do reino, conjuntamente com mais quatro colegas, para substituição do arquiduque Alberto.
Nesse mesmo ano (carta de 17 de Setembro de 1593) recebeu por mercê de compensação dos seus serviços e indemnização da perda das capitanias do Faial e Pico, o senhorio das ilhas de Santo Antão em Cabo Verde, Flores e Corvo, nos Açores, senhorio esse que vagara pela morte de Gonçalo de Sousa da *Fonseca, e ainda o título de conde de Santa Cruz (vila da ilha das Flores) em substituição do de conde da Vila da Horta. Este senhorio, formado por uma ilha de Cabo Verde e duas dos Açores, fora instituído em 1575 a favor do referido Gonçalo da *Fonseca e incluía a comenda das Flores e Corvo. A carta de doação reservava unicamente para o poder régio a correição e alçada e cedia todas as rendas, foros e direitos da fazenda real, era doação hereditária, permitia a designação de senhor das referidas ilhas e capacidade para confirmação dos juizes eleitos nos municípios, para pôr ouvidor e dar os ofícios e que o ouvidor pudesse conhecer os agravos. Esta mercê levantou um litígio com a viúva de Pedro da Fonseca, D. Beatriz de Távora, que durou até 1600, dirimido pelo tribunal. J. G. Reis Leite
Bibl. Carta de 10 de Março de 1573, de doação das capitanias das ilhas do Faial e do Pico, a D. Francisco Mascarenhas (1981). In Arquivo dos Açores. 2.a ed., Ponta Delgada, Universidade dos Açores, IV: 225-228. Carta de 17 de Setembro de 1593 da mercê do título de conde da Vila de Santa Cruz e do senhorio das ilhas de Santo Antão, Flores e Corvo (1981). In Arquivo dos Açores. 2.a ed., Ponta Delgada, Universidade dos Açores, V: 354-355. Gomes, F. A. M. P. (1997), A Ilha das Flores. Da redescoberta à actualidade (subsídios para a sua história). Lajes das Flores, Câmara Municipal das Lajes das Flores: 7-43, 403-412. Leite, J. G. R. (s.d. [2004]), O povoamento das Flores In Actas do III Colóquio O Faial e a Periferia Açoriana. Horta, Núcleo Cultural da Horta: 483-492. Nobreza de Portugal (1961). Lisboa, Ed. Enciclopédia, III: 290-291. Serpa, A. F. (1928), Os flamengos na ilha do Faial ? A família Utra in Archivo do Conselho Nobiliarchico de Portugal. Lisboa, Conselho Nobiliárquico de Portugal, III: 206.